根据《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》及相关法律法规，对扣缴义务人支付给非居民企业(指依照外国<地区>法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内未设立机构、场所且有来源于中国境内所得的企业，以及虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的企业)的款项，往往需依法扣缴企业所得税。但由于以前有些企业或个人等因未涉及此类问题，加之新《企业所得税法》实施不久，对支付给非居民企业款项扣缴事项不甚了解，少数扣缴义务人也因此出现了“应扣未扣”或“申报不正确”等问题。对此，笔者根据现行法规及相关规定，将如何扣缴非居民企业所得税简要介绍如下：
一、扣缴事项登记与备案
（一）扣缴登记。扣缴义务人与非居民企业首次签订业务合同或协议的，应当自合同签订之日起30日内，携带合同或协议附本，向主管税务机关申报办理扣缴税款登记。
（二）资料备案。扣缴义务人每次与非居民企业签订业务合同时，应当自签订合同（包括修改、补充、延期合同）之日起30日内，向主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》、合同复印件及相关资料进行备案。上述文本为外文的，应同时附送中文译本。
（三）设账备查。扣缴义务人应当设立代扣代缴税款账簿和合同资料档案，准确记录企业所得税扣缴情况，并接受税务机关检查。
二、扣缴税额计算及申报时限。
（一）扣缴企业所得税应纳税额计算（外币支付的按当日汇率中间价折算）。扣缴企业所得税应纳税额=应纳税所得额×实际征收率。应纳税所得额确认：一是股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得，以收入全额为应纳税所得额，不得扣除税法规定之外的税费支出；二是转让财产所得，以收入全额减除财产净值后的余额为应纳税所得额；三是其他所得参照前两项规定的方法计算应纳税所得额。如当期某居民企业应向非居民企业支付红利10万元（从中支付汇费等1000元），支付转让财产价款150万元（净值80万元），则当期居民企业应扣缴企业所得税为(10+150-80)×10%=8万元（适用税率10%）。
（二）扣缴及清算时限。扣缴义务人每次向非居民企业支付或者到期应支付所得款项时，应从支付或者到期应支付的款项中扣缴企业所得税，每次代扣税款后，应及时向税务机关报送《扣缴企业所得税报告表》及相关的合同等资料，并自代扣之日起7日内缴款，如逾期应加付滞纳金。对多次付款的合同项目，扣缴义务人应当在履行合同最后一次付款前15日内，向主管税务机关报送合同全部付款明细、前期扣缴表和完税凭证等资料，办理扣缴税款清算手续。
三、非居民企业拒绝代扣和自行申报
（一）非居民企业拒绝代扣。因非居民企业拒绝代扣税款的，扣缴义务人应当暂停支付相当于非居民企业应纳税款的款项，并在1日之内向其主管税务机关报告，并报送书面情况说明。
（二）非居民企业自行申报。扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应于扣缴义务人支付或者到期应支付之日起7日内，到所得发生地主管税务机关申报缴纳企业所得税。